1994-1995 sezonu sonunda yeniden 3. Lig'e döndü. Son olarak 1999-2000 sezonunda 3. Lig 8. Grup'ta şampiyon olarak 2. Lig'e çıktı. İki yıl bu ligde mücadele eden Kırklarelispor, 2001-02 sezonunda 3. Lig'e, hemen bir sezon sonra 2002-03 yılında da amatör kümeye düştü.
kırkarelispor takım
2009-2010
TFF 3.Lig'e yükselme müsabakalarında, gruplarında şampiyonluk kazanan 5
takımdan biri olarak, 2010-2011 sezonundan itibaren TFF 3.Lig'de
oynamaya hak kazandı.15/05/2011 tarihinde orhangazi sporu bursada 0-1
devirerek şampiyon olarak 2. Lig'e yükseldi.